Por Araceli 
En la temporada 2008-09 pese a haber finalizado décimos en la liga llegaron a la final de la Copa de la UEFA, que perderían en el Estadio Şükrü Saracoğlu ante el Shaktar Donetsk en el tiempo de descuento; y a la final de la Copa de Alemania, segunda camiseta liverpool 2024 que acabarían ganando al Bayer 04 Leverkusen gracias a un gol del mediocampista alemán Mesut Özil en la segunda parte del encuentro. El Bayer Leverkusen había sido cinco veces subcampeón de la Bundesliga sin ganar la competición, todo un récord en el fútbol alemán hasta la temporada 2024, donde resultaron campeones por primera vez en su historia sin perder ningún partido bajo la dirección de Xabi Alonso, sumando un nuevo récord en el fútbol alemán y en el fútbol europeo, tras 51 partidos oficiales sin perder. No fue hasta la década de 1970 cuando el club adoptó la incorporación de patrocinadores y publicidad en su uniforme. Tras el fracaso de la anterior temporada, el 30 de mayo de 2021 siendo entrenador interino Thomas Schaaf confirmó su salida del conjunto al fallar en el objetivo de permanencia del club. El por aquel entonces equipo filial, el Burgos Promesas, acababa de subir a la Tercera División, y se decide su desvinculación del Burgos CF, futbol camisetas pasando a competir como Real Burgos Club de Fútbol.
La temporada siguiente aseguraron su tercera participación consecutiva en la competición europea tras acabar el año segundos. Hecho que le sucedía por segunda ocasión, ya que tras haberse proclamado campeón por segunda vez, parecía el favorito en la edición de 1978-79, sin embargo, en su primer enfrentamiento le tocó enfrentarse al Nottingham Forest, quien no solo le eliminó, sino que acabó venciendo la competición dos veces seguidas, antes de ser sucedido nuevamente por «los reds» al vencer en la final al Real Madrid, quien reaparecía en la final tras quince años. Pese a todo, lograron también calificarse para la edición 2005-06 tras haber obtenido la tercera posición en la tabla de liga, en el mismo año en el que obtuvieron la Copa de la Liga de Alemania en el Zentralstadion tras imponerse al Bayern Múnich por 2-0. No obstante, volvieron a ser eliminados de la competición continental en octavos, esta vez por la Juventus.
Al comienzo de la temporada 2012-13 obtienen por primera vez la Liga Total Cup disputada en Hamburgo, en las semifinales del torneo eliminaron, en la tanda de penales luego de haber empatado en dos goles, al Bayern de Múnich y en la final derrotaron, también en penales, al Borussia Dortmund luego de haber empatado el partido a tres goles. Además, negó públicamente que fuera un dictador por haber sido elegido en las elecciones de aquel año. Además, el filial del equipo, el Werder Bremen II, disputa sus encuentros de 3.Liga en el conocido como Weserstadion Platz 11. Tiene una capacidad para 5.500 espectadores y está situado cerca del Weserstadion, y al igual que este también cuenta con pista de atletismo alrededor. La Selección de fútbol de Alemania ha disputado encuentros oficiales en el Weserstadion anteriormente, la mayoría de ellos de carácter amistoso. Lebenslang Grün-Weiß (en español: Verde y blanco de por vida) es una canción compuesta por sus seguidores, es el himno del equipo del norte de Alemania cantado en el estadio de Bremen. A principios del 2013, el 7 de enero estuvo en la Tuttur Cup en el cual constaba de un cuadrangular, en el que Werder Bremen derrotó a Trabzonspor con un 2-0 con goles de Aaron Hunt y Nils Petersen, y así avanzó a la final la cual ganó contra el VfL Wolfsburgo con un marcador de 2-1 con goles de Marko Arnautović y Felix Kroos.
Finalmente, los play-offs terminaron con un resultado global de 2-2, donde Werder Bremen mantuvo la categoría por la regla del gol de visitante. El fichaje de Marvin Ducksch fue clave para el retorno del conjunto de Bremen a máxima categoría pues anotó 21 goles en 33 partidos. Esto fue un cambio radical pues encarrilaron 10 partidos seguidos invictos ganando 9 de estos. Llegó a cargo de los Verdi-blancos Markus Anfang con el propósito de ascender, sin embargo la temporada 2021-22 inició de forma demasiada irregular pues después de 10 jornadas ocuparon el décimo lugar con 4 victorias, 2 empates y 4 derrotas; también fueron eliminados de la DFB-Pokal por el sorprendente VfL Osnabrück en primera ronda. Por tanto también disputaron el mismo año la Supercopa de Alemania, que ganarían al vigente campeón de la Bundesliga el VfL Wolfsburgo en el Volkswagen-Arena con tantos de Mertesacker y Clemens Fritz. Fue un candidato para acoger partidos en la Copa Mundial de Fútbol 2006 disputada en Alemania, pero finalmente se rechazó la idea. En la temporada 2021 se dio la particularidad de que tanto el Werder Bremen como su clásico rival, el Hamburgo SV, dos clubes históricos de Alemania, se hayan enfrentado en segunda división.