En septiembre caen derrotados ante el Real Madrid en la Supercopa por 72 a 67. Cinco meses después el Barça se tomó la revancha tras derrotar al Real Madrid en el Wizink Center en la Copa del Rey por 73-88. Tras ganar la Copa del Rey, se confirmó el regreso de Pau Gasol al Barça para el tramo final de la temporada, después de su partida a la NBA hace 20 años. El cinco inicial del conjunto azulgrana, dirigido por Antoni Serra, fue el siguiente: Solozábal, Epi, Sibilio, Marcellus Starks y Mike Davis. Los 23 puntos del MVP de la final: Juan Antonio San Epifanio no bastaron para alzar la ansiada copa, que finalmente se llevó el conjunto italiano. La temporada 2002-2003 es la de mayor gloria para la sección: con un quinteto formado por Šarūnas Jasikevičius, Juan Carlos Navarro, Dejan Bodiroga, Gregor Fučka y Roberto Dueñas, se consigue por fin la ansiada Euroliga contra la Benetton Treviso en el Palau Sant Jordi, título que se suma a la Liga y la Copa, consiguiendo de ese modo el triplete. Quinteto titular de la final: Ricky Rubio, Juan Carlos Navarro, Pete Mickeal, Erazem Lorbek y Boniface N’Dong. En la temporada 2009-2010, el Barça consigue ante el Real Madrid la Copa del Rey de Baloncesto y el 9 de mayo, en París, consigue la segunda Euroliga de su historia eliminando al CSKA Moscú en semifinales y al Olympiacos en la final por un contundente 86-68. Juan Carlos Navarro fue elegido MVP.
A pesar de la contratación del MVP de la Euroliga 2006 Dejan Milojević y del MVP de la Copa ULEB 2006 Rubén Douglas, entre otros jugadores como Albert Oliver, la incorporación del canterano Víctor Claver a la primera plantilla y la completa reestructuración de la plantilla (solo continuaron 5 jugadores del año anterior), los malos resultados continuaron al comienzo de la Liga ACB 2006-07. Un comienzo en la Liga ACB de 1-4 hizo que el club «taronja» cesara al hasta entonces entrenador Ricard Casas y contratara al griego Fotis Katsikaris para suplirle. La siguiente temporada, con la base de la plantilla intacta, excepto la marcha de Jasikevicius, el equipo consigue la Liga en una final apretada ante Estudiantes. En la temporada 2012-13, los papeles se invertirían: el Fútbol Club Barcelona gana la Copa del Rey tras vencer al Valencia en la final (85-69) y eliminar al Real Madrid en cuartos, tras dos prórrogas (108-111). Pero el conjunto blanco se llevó la Supercopa y liga ACB al vencer al Barça en cinco partidos. En la Copa del Rey, son apeados en semifinales ante el Valencia 67-76. En Euroliga, que estrena el formato liguero de ida y vuelta ante el resto de quince equipos de la competición, el Barcelona no consigue clasificar entre los ocho primeros, quedando fuera de la disputa por el título.
En el primer torneo de la temporada, se alzaron con la Supercopa tras vencer en semifinales 89-55 al Real Madrid, siendo la victoria más abultada frente a los blancos en toda la historia, e imponiéndose al Valencia en la final. En 1984, el F. C. Barcelona afronta en la ciudad de Ginebra (Suiza), por primera vez en su historia, la final del torneo más prestigioso del baloncesto europeo, la Copa de Europa. En el campeonato de liga, concluyen la fase regular sextos, quedando eliminados de nuevo por el Valencia, en la primera eliminatoria por el título, quedando además excluidos por primera vez desde el nuevo formato, de la Supercopa de España. El tercer título vino con el Campeonato de Liga, en el que se proclamaron campeones sin perder ningún partido en todo el play-off. La final de la Liga Europea de 1996, contra el Panathinaikos B.C., fue especialmente polémica, porque perdieron el partido en los últimos segundos debido a un tapón ilegal de Stojan Vranković sobre un tiro de José Antonio Montero, el cual habría dado el título al equipo azulgrana. Al año siguiente, 1997, nuevamente perdieron en la final contra otro equipo griego, el Olympiacos B.C., en un partido en el que el americano David Rivers, base del equipo ateniense, dominó a placer y no dejó opción a los azulgranas.
El F. C. Barcelona dominó desde el principio del partido, con un leve bache al inicio del tercer cuarto en el que el Olympiakos se llegó a poner a 5 puntos pero pronto lo solventó con un gran Navarro. Empiezan las acciones en el segundo cuarto. La contratación de jugadores poco productivos como Scott Williams y Charles Shackleford, jugadores al final de sus carreras como LaSalle Thompson, Orlando Woolridge, y Scott Skiles junto con unos decepcionantes novatos elegidos en las primeras rondas del draft como Shawn Bradley y Sharone Wright fueron factores importantes en la mala situación del equipo. Los Magic también ficharon a Tony Battie de Cleveland Cavaliers por Drew Gooden, Steven Hunter y los derechos de draft del brasileño Anderson Varejão; y a Hedo Turkoglu como agente libre. El 16 de junio de 1986, Katz hizo dos de los traspasos más controvertidos y criticados en la historia de la franquicia, traspasando a Moses Malone a Washington y la primera elección en el draft de 1986 (que había sido obtenido de San Diego Clippers en una traspaso por Joe Bryant en 1979) a Cleveland Cavaliers.